Vos consultations sont exonérées de TVA. Vous en concluez logiquement que la réforme de la facturation électronique ne vous concerne pas. C’est le raisonnement le plus répandu chez les médecins libéraux, et il est erroné sur deux plans.
Premier plan : l’exonération porte sur vos actes, pas sur votre statut fiscal — vous restez un assujetti, et la réforme vise les assujettis. Second plan, plus spécifique à votre exercice : une part de l’activité médicale libérale sort du champ de l’exonération, souvent sans que le praticien y prête attention.
Ce qui s’impose à vous au 1er septembre 2026
Une seule obligation, mais elle ne souffre pas d’exception : être en capacité de recevoir des factures électroniques via une plateforme agréée par l’administration fiscale.
Cela vaut quelle que soit la forme de votre exercice — nom propre, SELARL, SCP, SCM, société d’exercice — et quelle que soit sa taille. Vos fournisseurs assujettis basculent leurs factures dans le circuit électronique : loyer, énergie, matériel, logiciel métier, télésecrétariat, laboratoire, expert-comptable. Sans plateforme désignée, elles ne vous parviennent plus.
En revanche, si votre activité se limite à des actes de soins exonérés, vous n’avez aucune facture électronique à émettre. Vos patients ne verront strictement aucun changement.
Et pour lever tout doute : votre télétransmission SESAM-Vitale n’est pas concernée. La feuille de soins relève de l’Assurance Maladie, la facture électronique de l’administration fiscale. Deux circuits, deux logiques, aucune interaction.
Vérifiez d’abord votre inscription à l’annuaire
Avant toute autre démarche, un point à traiter cette semaine.
L’administration alimente un annuaire de la facturation électronique à partir de ses bases fiscales. Elle a identifié des erreurs de typage affectant particulièrement les professionnels de santé, enregistrés comme « non-assujettis » au lieu d’« assujettis exonérés ».
Le symptôme : un message indiquant que votre entreprise ne figure pas à l’annuaire. La correction s’obtient auprès du service des impôts, en demandant l’inscription de votre SIREN avec la bonne qualification.
Tant que ce point n’est pas réglé, vos fournisseurs ne pourront pas vous adresser leurs factures.
Les activités qui vous sortent de l’exonération
C’est la partie spécifiquement médicale de ce sujet, et elle mérite un examen honnête de votre activité réelle.
L’exonération de l’article 261, 4, 1° du CGI couvre les soins à finalité thérapeutique dispensés aux personnes. Tout ce qui n’entre pas dans cette définition en sort.
Les actes sans finalité thérapeutique
Les actes réalisés à visée exclusivement esthétique, non pris en charge par l’assurance maladie, ne bénéficient pas de l’exonération et relèvent du régime de droit commun de la TVA. Si vous exercez une activité de médecine esthétique, cette part de votre activité entre dans le champ des obligations d’émission.
Les expertises
Les expertises médicales réalisées pour une compagnie d’assurance, une juridiction ou un employeur ne poursuivent pas de finalité thérapeutique : elles produisent un avis, pas un soin. Leur traitement fiscal diffère de celui de vos consultations, et elles se facturent à des personnes morales — donc dans le champ de l’e-invoicing.
Les redevances et rétrocessions
Si vous accueillez un collaborateur libéral et percevez une redevance en contrepartie de la mise à disposition de vos locaux, de votre matériel et éventuellement de votre patientèle, cette opération est d’une autre nature qu’un acte de soin. Elle se facture entre professionnels, donc en B2B.
Le cas du remplacement appelle une analyse distincte de celui de la collaboration : les rétrocessions d’honoraires et les redevances ne relèvent pas nécessairement du même régime. C’est précisément le type de question à poser à votre expert-comptable, pas à trancher par analogie.
Les vacations et prestations à des structures
Vacations en clinique ou en établissement, prestations à une entreprise, missions pour une collectivité, interventions de médecine du travail selon le montage : toutes ces facturations s’adressent à des personnes morales assujetties, et relèvent donc du circuit de la facturation électronique.
Les formations et interventions
Enseignement, formation continue dispensée à titre professionnel, conférences rémunérées, participation à des travaux pour l’industrie : ces activités suivent leur propre régime.
Ce que cela implique en pratique
Si votre activité est exclusivement constituée d’actes de soins exonérés, votre chantier se limite à la réception. C’est simple et rapide.
Si vous avez une activité annexe parmi celles ci-dessus, deux points de calendrier :
| Échéance | Ce qui s’applique |
|---|---|
| 1er septembre 2026 | Réception pour tous. Émission pour les grandes entreprises et ETI — cela peut concerner certains groupes de cliniques avec lesquels vous travaillez. |
| 1er septembre 2027 | Émission pour les PME, TPE et micro-entreprises, catégorie dont relève votre structure. |
Vous avez donc une année pour organiser l’émission, mais la réception est immédiate.
La checklist du cabinet médical
Cette semaine
- ☐ Vérifier l’inscription de votre SIREN à l’annuaire de la facturation électronique
- ☐ Faire l’inventaire de vos activités : lesquelles sortent de l’exonération ?
Avant le 1er septembre
- ☐ Choisir une plateforme agréée et la déclarer
- ☐ Vérifier si votre logiciel de gestion ou votre solution comptable intègre déjà la réception
- ☐ Informer votre expert-comptable de votre choix
- ☐ En exercice de groupe : décider si la plateforme est désignée au niveau de la structure ou par praticien
D’ici septembre 2027
- ☐ Si vous avez des opérations taxables, préparer l’émission au format structuré
- ☐ Clarifier avec votre expert-comptable le traitement de vos redevances et rétrocessions
Un mot sur le choix de plateforme
Les factures échangées entre professionnels de santé — laboratoire vers prescripteur, clinique vers praticien — peuvent contenir des informations sensibles. Le critère de l’hébergement des données mérite d’être regardé avant celui du prix.
Regardez aussi si votre logiciel métier ou votre outil comptable propose déjà une connexion à une plateforme agréée : un abonnement de moins à gérer, et une saisie de moins à faire.
Questions fréquentes
Mes consultations sont exonérées, dois-je vraiment agir ? Oui. L’obligation de réception s’impose à tous les assujettis, exonérés compris, dès le 1er septembre 2026.
Mes patients recevront-ils des factures électroniques ? Non. Les particuliers sont hors du dispositif. Rien ne change pour eux.
Ma télétransmission est-elle impactée ? Non. La feuille de soins électronique et la facture électronique fiscale sont deux circuits séparés.
J’exerce en SELARL, cela change-t-il quelque chose ? La forme juridique ne modifie pas l’obligation de réception, qui s’impose à toutes les structures. Elle peut en revanche influer sur l’organisation pratique : plateforme désignée au niveau de la société, circuit de traitement des factures.
Mes actes de médecine esthétique sont-ils concernés ? Les actes à visée exclusivement esthétique, sans finalité thérapeutique et non pris en charge, ne bénéficient pas de l’exonération. Cette part de votre activité relève du régime de droit commun et donc, à terme, des obligations d’émission.
Et mes expertises ? Elles ne relèvent pas du soin. Leur régime fiscal se vérifie au cas par cas avec votre expert-comptable, mais elles se facturent à des personnes morales et entrent dans le circuit B2B.
Sources
- Code général des impôts, article 261, 4, 1°
- Ordonnance n° 2021-1190 du 15 septembre 2021 ; articles 289 bis à 290 A du CGI
- Direction générale des finances publiques — réforme de la facturation électronique
- Guide général : facturation électronique pour les soignants libéraux
Article publié en août 2026. Le traitement fiscal des activités annexes dépend de votre situation : faites-le valider par votre expert-comptable.
