Facturation électronique : ce que vous devez avoir fait avant le 1er septembre 2026

Il reste quelques jours. Et la phrase qui circule dans les salles d’attente et les groupes professionnels — « mes actes sont exonérés de TVA, je ne suis pas concerné » — est fausse.

Elle repose sur une confusion entre deux notions fiscales distinctes. La réforme ne vise pas les opérations taxables : elle vise les assujettis à la TVA établis en France. Or un professionnel de santé libéral est un assujetti. Son exonération porte sur ce qu’il facture, pas sur son statut.

Voici ce que cela implique concrètement, et ce qu’il reste à faire.

Assujetti, exonéré, redevable : la distinction qui décide de tout

Trois mots que l’on confond, et qui n’ont pas le même effet.

Non-assujetti — hors du champ de la TVA. C’est le cas d’un particulier, ou de certaines associations sans activité économique. Ceux-là sont réellement en dehors du dispositif.

Assujetti exonéré — vous exercez bien une activité économique indépendante, donc vous êtes dans le champ de la TVA, mais vos opérations bénéficient d’une exonération. C’est la situation de l’immense majorité des soignants libéraux, au titre de l’article 261, 4, 1° du code général des impôts.

Assujetti redevable — vous collectez effectivement de la TVA.

La réforme s’adresse aux assujettis, exonérés compris. Être « assujetti non redevable » ne vous sort pas du dispositif. Et la franchise en base ne change rien non plus au statut d’assujetti.

Ce qui devient obligatoire, et ce dont vous êtes dispensé

Obligatoire pour tous au 1er septembre 2026 : la réception

À compter de cette date, tout assujetti doit être en capacité de recevoir des factures électroniques au format structuré, via une plateforme agréée par l’administration.

Cela concerne l’intégralité de vos achats professionnels auprès de fournisseurs assujettis établis en France : loyer professionnel, énergie, téléphonie et internet, matériel médical, consommables, logiciel métier, télésecrétariat, expert-comptable, maintenance.

Sans plateforme désignée, ces factures ne vous parviendront plus.

Ce dont vous êtes dispensé

Si votre activité se limite à des actes de soins exonérés :

• aucune facture électronique à émettre pour vos patients ;
• rien ne change pour vos patients, y compris ceux qui n’ont ni e-mail ni accès à internet. Vous continuez à leur remettre vos notes d’honoraires comme aujourd’hui.

Et vos feuilles de soins ?

Elles ne sont pas concernées. La FSE et la facture électronique sont deux circuits totalement distincts : la première relève de l’Assurance Maladie, la seconde de l’administration fiscale. Votre télétransmission SESAM-Vitale continue à l’identique.

C’est la deuxième source de confusion la plus répandue, après celle sur l’exonération.

Le calendrier de l’émission

Pour les opérations qui, elles, sont soumises à TVA, l’obligation d’émettre en format électronique arrive plus tard :

Le piège que personne n’a vu venir : l’annuaire

C’est le point le plus concret de cet article, et probablement celui qui vous fera gagner le plus de temps.

L’administration fiscale alimente un annuaire de la facturation électronique à partir de ses propres bases. Or elle a identifié des erreurs de typage touchant particulièrement la population des professionnels de santé : de nombreux praticiens y figurent comme « non-assujettis » alors qu’ils sont « assujettis exonérés ».

Le symptôme est facile à repérer. En engageant vos démarches, vous tombez sur un message du type « cette entreprise ne figure pas dans l’annuaire de la facturation électronique ».

Ce n’est pas une erreur de votre part, et cela ne remet pas en cause votre conformité — mais cela doit être régularisé, sinon vos fournisseurs ne pourront pas vous adresser leurs factures.

La correction se fait auprès de l’administration fiscale : appelez le service des impôts et demandez l’inscription de votre SIREN à l’annuaire de la facturation électronique, en précisant votre qualité d’assujetti exonéré.

Vérifiez ce point maintenant. C’est une démarche courte, et elle bloque tout le reste.

Le vocabulaire, en trois minutes

Facture électronique ≠ PDF envoyé par e-mail. Il s’agit d’une facture émise, transmise et reçue dans un format structuré normalisé — Factur-X, UBL ou CII — que les logiciels peuvent lire automatiquement.

Plateforme agréée (PA) — l’opérateur immatriculé par l’État par lequel transitent les factures. Le terme a remplacé l’appellation « plateforme de dématérialisation partenaire » (PDP) que vous avez peut-être croisée.

E-invoicing — l’échange de factures électroniques entre entreprises assujetties établies en France.

E-reporting — la transmission à l’administration de données relatives aux opérations qui ne passent pas par le circuit de la facturation électronique. Son périmètre exact pour les assujettis réalisant exclusivement des opérations exonérées fait l’objet de lectures divergentes : c’est un point à trancher avec votre expert-comptable plutôt qu’à interpréter seul.

Le cas des activités annexes

C’est là que la situation se complique, et elle vous concerne peut-être sans que vous y pensiez. Certaines opérations sortent du champ de l’exonération des soins :

• les rétrocessions d’honoraires et redevances de collaboration ;
• les facturations à des structures — établissement, entreprise, club, collectivité ;
• les formations et interventions dispensées à titre professionnel ;
• les actes sans finalité thérapeutique ;
• la vente de produits.

Si vous êtes dans un de ces cas, une part de votre activité relève potentiellement des obligations d’émission et d’e-reporting, avec un calendrier propre. Les déclinaisons par profession en fin d’article détaillent les situations les plus fréquentes.

La checklist avant le 1er septembre

Cette semaine

• ☐ Vérifier que votre SIREN figure bien à l’annuaire de la facturation électronique — et le faire corriger si vous êtes typé « non-assujetti »
• ☐ Faire le point sur votre statut : activité exclusivement exonérée, ou opérations taxables à côté ?

Avant l’échéance

• ☐ Choisir une plateforme agréée et la déclarer
• ☐ Vérifier si votre logiciel métier ou comptable intègre déjà la réception — inutile d’empiler un abonnement
• ☐ Lister vos fournisseurs assujettis dont les factures vont basculer
• ☐ Prévenir votre expert-comptable de votre choix de plateforme

Ensuite

• ☐ Organiser le traitement des factures entrantes — qui les récupère, où elles sont archivées
• ☐ Si vous avez des opérations taxables, préparer l’échéance d’émission de septembre 2027

Un critère de choix à ne pas négliger : les factures échangées entre professionnels de santé peuvent contenir des informations sensibles. Privilégiez une plateforme dont l’infrastructure est hébergée en France ou dans l’Union européenne.

Questions fréquentes

Je suis exonéré de TVA, suis-je vraiment concerné ? Oui, au minimum en réception. L’exonération porte sur vos opérations, pas sur votre qualité d’assujetti.

Mes patients vont-ils devoir recevoir des factures électroniques ? Non. Les particuliers sont hors du dispositif d’e-invoicing. Vos notes d’honoraires aux patients ne changent pas.

Ma télétransmission SESAM-Vitale est-elle impactée ? Non. Les deux circuits sont indépendants.

La franchise en base me dispense-t-elle ? Non. La franchise ne modifie pas le statut d’assujetti.

Je suis inscrit mais je ne reçois aucune facture électronique : est-ce normal ? Oui, en début de déploiement. Seules les grandes entreprises et ETI émettent dès septembre 2026 ; les autres suivront en septembre 2027. Vos factures arriveront progressivement.

Que se passe-t-il si je ne fais rien ? Vous ne serez plus en mesure de recevoir les factures de vos fournisseurs assujettis, avec les conséquences comptables et pratiques que cela implique.

Les déclinaisons par profession

Les obligations varient selon les activités annexes propres à chaque métier :

• Médecin libéral — expertises, vacations, redevances, actes sans finalité thérapeutique
• Infirmier libéral — rétrocessions et remplacements
• Masseur-kinésithérapeute — actes hors nomenclature et collaboration
• Ostéopathe — condition de titre, ateliers en entreprise, ostéopathie animale
• Psychologue — condition de diplôme, supervision et interventions en entreprise

Sources

• Code général des impôts, article 261, 4, 1° — exonération des soins dispensés par les membres des professions médicales et paramédicales
• Ordonnance n° 2021-1190 du 15 septembre 2021 ; articles 289 bis à 290 A du CGI
• Direction générale des finances publiques — réforme de la facturation électronique et annuaire

Article publié en août 2026. Les modalités d’application évoluent : vérifiez le calendrier, la liste des plateformes agréées et votre situation particulière auprès de la DGFiP et de votre expert-comptable.